小腸切除によって生じた腸瘻は、ドレーン洗浄、抗感染、非経口栄養支持、腸吻合などの対症療法によって瘻孔を修正する必要がある。
比較的小さな腸瘻では、ドレナージと洗浄を行うことができる。 腸瘻では、まずドレナージ用に2本のカテーテルを留置し、1本のドレナージチューブに生理食塩水を注入して持続的なフラッシングを行い、1本のドレナージチューブでフラッシング液を排出する。 また、患者には非経口的な栄養補給、セフロキシム塗布などの抗感染治療、体内の電解質バランスを維持するための治療、タンパク質の補給も必要である。
より大きな瘻孔に対しては、栄養支持と抗感染治療を基礎として、腸吻合、すなわち瘻孔部位の外科的矯正と、瘻孔から腹腔内に流入する腸液および便の除去が必要となる。