メトロニダゾールの代わりにどのような薬剤を使用するかは、個々の疾患に応じて判断する必要があり、一般的にはチニダゾール、オルニダゾールなどがある。 ヘリコバクター・ピロリ感染による蓄膿症、胃潰瘍、十二指腸潰瘍などの胃疾患を発症した場合は、医師の指導のもと、メトロニダゾールの代わりにチニダゾールを使用することができる。 アメーバ肝膿瘍を発症した患者には、医師の指示のもと、メトロニダゾールの代わりにオルニダゾールを投与することができる。 また、膣トリコモナス症や嫌気性菌感染症の患者には、医師の指示のもと、メトロニダゾールの代わりにオルニダゾールやチニダゾールで治療することができる。 メトロニダゾールに代わる適切な薬剤を医師の指導のもとで選択することが推奨され、患者は許可なくメトロニダゾールに代わる薬剤を選択してはならない。