自然治癒する心房欠損は基本的に二次性卵円孔型であり、欠損の直径が8mm以下であれば、自然治癒する年齢は通常3歳以前であり、3歳から5歳の間に自然治癒する確率は低下するが、一次性卵円孔型および静脈洞型心房欠損は基本的に自然治癒は不可能である。 二次性卵円孔心房欠損症では、卵円孔の直径が3mm以下で、欠損が生後3ヵ月以降に発生した場合、1.5年以内に自然治癒する確率が高い。 卵円孔の直径が3～8mmであれば、大部分の欠損は生後1年半以内に自然治癒する可能性が高い。 卵円孔の直径が8mmを超えると、自然治癒の可能性は低くなり、積極的な治療が必要となる。 二次性卵円孔欠損症は自然治癒する可能性もあるが、3歳以上で欠損が閉鎖しないままであれば、肺炎や心不全を起こしやすく、重症例では生命を脅かすこともある。 したがって、親は経過観察のために定期的に子供を病院に連れてきて、医師のアドバイスに従って適切な治療を受ける必要がある。