新生児のしゃっくりの原因には生理的なものと病的なものがあり、前者は過食などの一般的なもので、後者にはてんかんや胃食道逆流症などの中枢性疾患や末梢性疾患が含まれる。
1.生理的原因：新生児は横隔膜や消化機能がまだ十分に発達していないため、毎日の食事や寒さなどのちょっとした刺激、満腹の食べ過ぎなどでしゃっくりが出やすくなります。
また、早食いの場合、空気を吸い込みすぎて胃拡張が起こり、横隔膜が圧迫され、横隔膜の痙攣、しゃっくりが誘発されます。
2.病理学的原因
(1)中枢性疾患：てんかんやその他の疾患により、脳内の神経細胞の異常放電が起こり、一過性の脳機能障害に陥り、横隔神経が圧迫されるとしゃっくりが起こる。
また、病原菌による頭蓋底の炎症性変化があり、滲出液が頭蓋底に多量に集まり、頭蓋底の血管や神経を直接圧迫することもある。 頭蓋内圧が上昇すると、間接的に胃粘膜のストレス傷害につながり、噴門（しゃっくり）などの症状を生じる。
(2)末梢疾患：胃食道逆流症（GERD）の場合、食道粘膜が傷害されて炎症を起こすことがある。 また、食道壁を介して縦隔にも影響を及ぼし、しゃっくりや嘔吐などの症状を引き起こす。
また、先天性心疾患の場合、シャントの方向によって異なる症状が現れることがある。 罹患児は授乳時に弱い吸啜やしゃっくりなどの症状を示し、通常、息切れを伴い、唇や口のあざ、多量の発汗を伴います。
新生児のしゃっくりには他の原因も考えられますので、早めに病院を受診し、検査を改善して原因をはっきりさせ、医師の指導のもとで的を絞った治療や処置を行うことをお勧めします。