小腸細菌の過剰増殖は、呼気試験や内視鏡による小腸細菌の培養によって診断することができる。 小腸細菌過剰増殖症は腸内細菌異常症の臨床症状であり、小腸の停滞が長く続くことで細菌が過剰に増殖し、小腸細菌の数や種類が変化することが原因と考えられる。 腹部膨満感や腹痛を示す患者もいれば、症状のない患者もいる。 現在、診断の確定には呼気検査が一般的に用いられており、簡便で使いやすく、感度・特異度が高いという利点がある。 小腸液の細菌培養は小腸細菌過剰症の診断のゴールドスタンダードであるが、その検査は内視鏡検査で小腸液を採取し、細菌のコロニーカウントと培養を行う必要があり、侵襲的で反復性があること、一部の細菌はより特殊で培養が比較的困難であることから、現在のところ臨床での使用は困難である。