口内灼熱症候群に対する特異的な治療法はない。 治療は局所薬と全身薬、主に抗うつ薬からなる。 1.全身薬物療法：クロナゼパムが口唇灼熱症候群の第一選択薬であり、アミトリプチリンなどの三環系抗うつ薬やカルバマゼピンなどの抗けいれん薬も適宜使用される。 上記の薬剤は、用量にもよるが、眠気、軽い頭痛、倦怠感、ジスキネジアを起こすことがある。 アレルギー体質の人は使用禁止、妊娠中、授乳中の女性は使用禁止。 2.外用薬：クロナゼパムを外用薬として疼痛部位に塗布することで、口唇灼熱症候群の不快感が緩和されることが研究で示されている。 口唇灼熱症候群に罹患している場合は、速やかに医師に相談することが推奨される。 上記の薬はすべて、医師の監督下で使用されるべきである。