牛黄清熱丸と牛黄清心丸では、その構成、効能、治療に違いがある。 牛黄上清丸が清熱解火、散風、解痛の効能があるとすれば、牛黄清心丸は清心解痰、抑怯、散風の効能があり、両薬の効能は異なる。
1.牛黄上清丸は人造牛黄、薄荷、菊花、荊芥、大黄、川芎からなり、牛黄清心丸は人造牛黄、当帰、川芎、甘草、山薬、薄荷からなる。
2.牛黄上清丸は主に内熱毒による頭痛・めまい、風火襲による頭痛・めまい、目の充血・耳鳴り、のどの痛み、口や舌のただれ、歯茎の腫れ・痛み、便の乾燥などに用い、陰虚火亢による頭痛にも用いる。 陰虚火亢による頭痛、めまい、歯痛、のどの痛みなどに注意する。
牛黄清心丸は主に風痰閉口によるめまい、痰唾鬱結（痰の異常、唾液の過剰分泌）、錯乱、ろれつが回らない、けいれん、てんかんなどに用いる。 妊婦は注意して使用すること。
両方を服用する必要がある場合は、医師の指導の下で行うことをお勧めします。