多くの場合、中等度の腸管形質転換を伴う萎縮性胃炎は可逆的ではない。 臨床では、症状を緩和し、病態が深刻な方向に進行するのを防ぐために、治療手段を組み合わせることができる。
多くの場合、萎縮性胃炎の中等度腸管形質転換は元には戻らない。 一般に軽度の萎縮性胃炎では、オメプラゾールなどの胃酸の抑制、チオグリコール酸アルミニウムなどの胃粘膜の保護など、包括的な治療手段によって腸形質化を治療することができる。
ヘリコバクター・ピロリ感染の合併に対しては、アモキシシリン、メトロニダゾール、オメプラゾール、ビスマス・ペクチンなどの使用を含む四重殺菌療法を行う。 治療によって患者の状態をコントロールすることは可能であるが、腸管敗血症の回復は困難である。
医師の指導による保存的治療で効果が不十分な場合、あるいは病状が徐々に悪化している場合は、前癌病変を予防するために、必要に応じて外科的切除を選択することができる。