腎嚢胞は腎臓の良性病変であり、一般的な原因としては尿細管閉塞、遺伝的要因、先天性形成不全、上皮成長因子（EGF）やインスリン様成長因子-1（IGF-1）などの活性物質の異常分泌などが挙げられる。 素因としては、外傷、薬物、感染、加齢、過労などが挙げられる。
1.病因：腎尿細管と末梢血管の閉塞、腎盂憩室と集散系の接触喪失、腎実質の虚血と局所炎症による腎尿細管閉塞、遺伝性因子、先天性形成異常、最近、患者の嚢胞液にEGF、IGF-1、嚢胞形成を促進する一種の活性物質が含まれていることを発見した学者がおり、細胞増殖と嚢胞形成の促進過程にも関与している可能性がある。
2.素因：腎外傷、手術、腎穿刺なども腎嚢胞の素因となる。 また、腎臓の炎症が腎尿細管の閉塞や憩室の形成につながり、徐々に大きくなって嚢胞を形成することもある。 特定の薬剤（農薬、化学物質）、高齢、過労も腎嚢胞形成を誘発する。
腎嚢胞の原因は比較的多いので、腎嚢胞に罹った後は、定期的に病院に行って検査を受け、適切な治療を受けた後に原因をはっきりさせる必要があります。