病気の治療にフルコナゾールとイトラコナゾールを使用する場合、副作用が起こる可能性があるが、どちらの副作用が大きいかは個人差があり、一般化を支持する特定のデータはない。 フルコナゾールは、コクシジオイデス真菌症、侵襲性カンジダ症の治療、再発リスクの高いクリプトコッカス髄膜炎患者および再発リスクの高いHIV（ヒト免疫不全ウイルス）感染患者における口腔咽頭カンジダ症または食道カンジダ症の再発予防に適応がある。 本剤または他のアゾール系薬剤に過敏症のある患者、妊娠中および授乳中の女性は禁忌である。 フルコナゾールの使用により、吐き気、嘔吐、腹痛、下痢、発疹、剥脱性皮膚炎、一過性の血清アミノトランスフェラーゼ上昇、めまい、頭痛、一過性の好中球減少症、血小板減少症などの副作用が起こることがあります。 副作用が発生した場合、患者は服用を中止し、医師の診察を受けるよう勧められる。 イトラコナゾールは、皮膚真菌症、爪真菌症、全身性アスペルギルス症、カンジダ症、および感受性の高い属による二相性真菌症の治療に適応がある。 アレルギー体質の人、妊娠中や授乳中の女性、重度の肝不全や腎不全のある人には禁忌である。 イトラコナゾールの使用により、腹痛、下痢、顆粒球減少、高血糖、高カリウム血症、めまい、傾眠、心不全、左心室不全、頻脈、高血圧、黄疸、発汗過多、発熱、疼痛、アラニンアミノトランスフェラーゼ上昇などの副作用が起こることがあります。 副作用が発生した場合、患者は服用を中止し、医師の診察を受けるよう勧められる。 フルコナゾールとイトラコナゾールを使用する必要がある患者は、通常の病院に行き、医師の指示に従って薬を使用し、薬の盲目的な使用を避けることをお勧めします。