重度の腸上皮過形成の患者には、抗ヘリコバクター・ピロリ療法、胃の運動を改善するための胆汁還流の抑制、粘膜栄養の増加、手術などの治療が行われる。
重度の腸上皮過形成は、胃粘膜が大腸粘膜または小腸粘膜に置き換わることによって起こる。
1.抗ヘリコバクター・ピロリ治療：ヘリコバクター・ピロリ感染を伴う場合は、オメプラゾール、クラリスロマイシン、アモキシシリン、コロイド状ビスマス・ペクチンなどの4剤併用療法で治療する。
2.胆汁の逆流を抑制して胃の運動を改善する：チオ硫酸アルミニウム、ドンペリドン、メトクロプラミドなどを服用して胃と十二指腸の運動を促進し、胆汁の逆流を回避して胃の運動を改善することができる。
3.粘膜栄養を増やす：プロスタグランジンE、胃ケトンなどを服用し、胃粘膜の抵抗力を高める。
4.外科的治療：異型過形成の患者には、内視鏡的粘膜切除術やストリッピング手術を考慮することができる。手術後、適時に病理検査を行い、診断を明確にしてから次の手術プログラムを決定し、癌の発生を予防する。
さらに、患者は軽い食事に注意し、辛いもの、冷たいもの、脂っこいものなどの刺激物を避け、禁煙と禁酒をしなければならない。
上記の薬はアレルギーのある人には禁止されており、いずれも医師の指示に従って服用する必要がある。 重症の腸上皮過形成と診断された場合は、病気の原因をはっきりさせた後、医師の指導の下、時間内に通常の病院に行き、的を射た治療を受けることをお勧めします。