ハトムギは医食同源に属し、通常は医師の指導のもと煎じ薬として服用する。
ハトムギには、気を補い陽気を促進する作用、筋肉の表面を固めて発汗を止める作用（筋肉の表面を固めて発汗を止める）、筋肉の毒性をサポートする作用（毒邪を排出し、筋肉の成長と傷の治癒を促進する）などがあり、気虚疲労、緩便（便が細く形が悪い）、中気低下（脾胃の気虚が内臓の機能低下に反映される）、気虚自汗（昼間に不随意に発汗し、少し動いただけで発汗が悪化する）、長引く下痢や脱肛などを主に治療する。
ハトムギは、表面固陋、邪気、内部停滞のある患者には慎重に使用すべきである。 ハトムギの副作用は明らかにされていない。
病気の治療にハトムギを使用する必要がある場合は、専門の医師の指導のもとで使用しなければならない。