進行期の消化管間葉系間質腫瘍は、患者の状態に応じて、主に化学療法と標的薬物療法で治療される。
1.化学療法：患者の忍容性が良好であれば、化学療法薬を全身に使用することができ、効果的に癌細胞を死滅させることができ、治療目的を達成し、癌細胞のさらなる拡散と転移を避けることができる。
2.標的薬物療法：胃間葉系腫瘍に対してより効果的な標的薬には、スニチニブ、イマチニブ、レゴラフェニブなどがあり、腫瘍のさらなる進展を抑制することができる。
消化管間葉系腫瘍患者が腸閉塞、腸穿孔、重篤な出血を起こした場合、進行した消化管間葉系腫瘍患者であるにもかかわらず、外科手術や他のインターベンション治療を受ける必要があり、進行した消化管間葉系腫瘍患者は包括的治療によってより良い治療効果を得ることができる。
進行した消化管間葉系腫瘍の患者は、依然として医師と協力して積極的な治療を行う必要があり、栄養を増やすために食事に注意を払う必要があるが、刺激的な食事は避けるべきである。