神経性頭痛の治療薬には、いわゆる特別な治療薬はなく、鎮痛薬、三環系抗うつ薬、5-ヒドロキシトリプタミン再取り込み阻害薬などが一般的に使用されている。
1.鎮痛薬：主に神経因性頭痛の急性発作に用いられる。 主にアセトアミノフェン、イブプロフェンなどの非ステロイド性抗炎症薬を使用する。 カフェインを併用すると効果が向上するが、薬物乱用頭痛のリスクも高まる。
2.三環系抗うつ薬：主に予防薬として使用され、慢性神経障害性頭痛の患者によく使用される。 アミトリプチリンが第一選択薬である。 不安障害やうつ病などの合併障害も治療する必要がある。
3. 5-ヒドロキシトリプタミン再取り込み阻害薬：予防薬として用いられる。 三環系抗うつ薬よりも効果があり、忍容性が高いことが研究で確認されており、第二選択薬として使用できる。
神経障害性疼痛に罹患した場合は、適時入院し、医師の指導のもとで適切に薬物療法を行う必要がある。