ピロリ菌治療失敗時の治療方針は、初回治療失敗であれば再治療、難治性ピロリ菌感染であれば経験的除菌、あるいは薬剤感受性試験の結果に応じて治療するなど、区別する必要がある。
ピロリ菌の初回治療に失敗した場合は、数カ月の間隔をあけて再治療を行い、菌が抗菌薬に対する感受性を取り戻すようにし、この時に4剤併用療法の他の組み合わせで改善治療を行うことができる。 同時に、科学的で標準化された治療法を実施することも重要である。
難治性ピロリ菌感染症患者、すなわち異なる薬剤の組み合わせによる標準化された連続除菌療法を2回以上行っても除菌が成功せず、条件が許す患者に対しては、個別の診断と治療のために抗生物質の感受性検査と細菌培養を受けることが推奨される。 高い耐性率を除外し、感受性の高い抗生物質を選択すべきである。
感受性の高い抗生物質が必要なだけでなく、胃内のpH環境にも一定の条件が必要であり、疑わしいポンプ阻害薬や優れた品質の酸阻害薬を十分量投与することも、ピロリ菌除菌の成功を左右する重要な因子である。
ピロリ菌治療に失敗した場合は、病院を受診し、医師の指導のもと治療を受けることをお勧めします。