よもぎの薬効は、冷痛散寒、温経止痛、止瀉、湿痒で、臨床的にはあらゆる出血、冷腹痛、下痢、コレラ、婦人下着などの治療に用いられる。
艾葉，苦，辛，温，肝，脾，腎経． 臨床的には、吐血、鼻出血、月経過多、月経痛、胎便漏出（妊娠初期の膣からの少量の出血）、悪阻、下腹部の冷痛、月経不順、子宮冷え、不妊症などに用い、外用では皮膚のかゆみに用いる。 酢艾炭は月経を温めて止血し、冷えのぼせに用いる。
女性の冷えのぼせや妊娠中の出血に用いるよもぎは、Colla Corii Asini、Angelica Sinensis、Radix et Rhizoma Dioscoreaeとともに用いることが多く、月経を温めて冷えを散じ、血を養い、出血を止める。また、気虚で出血を調節できない場合は、Astragalus、Radix et Rhizoma Ginseng、Atractylodes Macrocephalaなどを加えて、気を益し、血を調節する（補気により出血を防ぐ）。腎虚で胎動が不安な場合は、Cuscuta chinensis、Morinda Officinalis、Sequeliaなどを加えて、血を養い、腎を益し、胎児を安定させる。
陰虚、血熱のある人は、艾葉の服用に注意が必要である。 具体的な使用は漢方医の指導のもとで行うべきで、自己判断でやみくもに使用すべきではない。