核酸検査における鼻からの検体採取と口腔咽頭からの検体採取の主な違いは、採取経路、採取場所、検査の精度、身体に与える不快感です。 新型コロナウイルスの核酸検査では、咽頭スワブを用いて鼻または咽頭（声）から検体を採取します。 新型コロナウイルスは呼吸器系ウイルスなので、ウイルスが気道に存在する可能性が最も高い。 鼻からの侵入は痛みを伴い、出血しやすいこともあるが、到達部位が少し深いこともあり、人によっては異物刺激が大きく、くしゃみとともに鼻がむずむずするといった不快な反応を示すこともある。 咽頭（のど）からのサンプリングは一般に患者が受け入れやすいが、口蓋垂や舌の付け根を刺激したときに起こる吐き気反射のために咽頭後壁に到達しにくいことが多く、唾液など他の多くの因子によってサンプルが妨害されやすい。 鼻腔か咽頭の上気道検査を選択すれば、簡便、便利、迅速という利点がある。 2つのサンプリング方法の精度がどこまで異なるかについては、結論は出ていませんが、どちらもクリニックで認知され、推奨されている方法ですので、具体的な方法については、サンプリングサイトの推奨を参照してください。