エリスロマイシン軟膏は.安全性の高い抗菌性外用軟膏で.重篤な副作用はまれであり.妊娠分類ではグレードB（動物実験では胎児への障害は認められていないが.ヒトでは確認されていない）に分類されています。 また.アレルギー症状を引き起こすことがあり.0.5%の発生率で.かゆみと蕁麻疹が現れます。 また.Stevens-Johnson症候群や中毒性表皮水疱症など.重篤なアレルギー反応が起こる可能性があります。 エリスロマイシン軟膏は外用剤でありながら.経口剤や注射剤によく見られる消化器系の反応はありません。 しかし.長期的かつ広範な使用により.経口剤または注射剤の副作用として.吐き気や嘔吐などの消化器反応.肝機能障害.大量のエリスロマイシンが血流に吸収されることによる可逆性の神経性難聴などが起こる可能性もあります。 抗菌薬の誤用により.特にエリスロマイシンに対する耐性率が高く.ブドウ球菌では全体で78.11％.肺炎球菌ではほぼ100％に達しています。 そのため.正常な皮膚細菌に耐性が生じ.治療がうまくいかないことがあるので.皮膚軟部組織感染症に長期間または頻繁に使用することはできません。