患者の胃穿孔は、外傷、胃潰瘍、胃壁筋層の先天性欠損などによって引き起こされる。
1.外傷：上腹部や下胸部への貫通損傷、鋭利な異物の飲み込み、強アルカリなどの腐食性物質の飲み込みなどが胃の損傷につながり、胃穿孔を引き起こすことがある。
2.胃潰瘍：胃潰瘍は胃酸とペプシンの攻撃を受けて、胃粘膜の防御のバランスが崩れ、自分の粘膜を消化し、局所の炎症性欠損を形成することを指し、潰瘍が漿膜層を貫通すると、胃穿孔を引き起こす可能性がある。
3.先天性胃壁筋層欠損症：胃壁筋層の発育不全と胃壁の局所的虚血により、先天性胃壁筋層欠損症になることがあり、先天性胃壁筋層欠損症患者が胃内圧亢進状態になると、胃穿孔を起こすことがある。
また、患者が多量の喫煙、多量の飲酒、不規則な食事、過食、アスピリンなどの非ステロイド性抗炎症薬（NSAIDs）を長期間服用している場合にも、胃穿孔のリスクが高まる。