肉眼では見えないウイルスも、電子顕微鏡を使えば見ることができる。 ウイルスの大きさは比較的幅広く、大きいものではポックスウイルスのように300nm程度、小さいものでは微細DNAウイルスのように20nm程度である。 ウイルスは非常に小さいため、肉眼ではもちろん、普通の光学顕微鏡でも見ることができず、電子顕微鏡でなければ見ることができない。 電子顕微鏡は電子ビームを使って試料を照らすが、電子の波長が非常に長いため、光学顕微鏡よりも分解能が格段に高い。 典型的な透過型電子顕微鏡の分解能は約0.2umで、ウイルスの形態や構造を見るのに使われる。