カルシウム錠剤を長期間大量に服用することの欠点は、便秘になりやすいこと、心血管疾患や脳血管疾患のリスクが高くなること、尿路結石になる確率が高くなることである。
1.便秘になりやすい：大量のカルシウム錠剤を長期間使用すると、消化管の蠕動運動が鈍くなり、便秘を誘発する可能性がある。 これは、カルシウムが腸内で脂肪と結合してカルシウム石鹸を形成しやすく、腸の蠕動運動を阻害するためである。
2.心血管・脳血管疾患のリスクを高める：カルシウムの過剰摂取は、高カルシウム血症を引き起こしやすく、血液中のカルシウムが血管壁に過剰に沈着し、動脈硬化を引き起こす可能性があるため、脳卒中、冠状動脈性心疾患、その他の心血管・脳血管疾患のリスクを高める。
3.尿路結石のリスクを高める：大量のカルシウムは、腎臓結石、膀胱結石などの結石のリスクを高める。 尿路結石の大部分はシュウ酸カルシウムである。
カルシウムの補給には、電解質異常を引き起こすなど、他のリスクもある。 カルシウムのサプリメントは、健康を害するような適切な副作用の発生を避けるため、医師の監督下で摂取することが推奨される。