外骨格消毒の一般的な手順は、水道水洗浄、アルコール浸漬、消毒液消毒、滅菌水洗浄である。
外骨格の消毒にはさらに手順があり、まず水道水で30分以上洗浄した後、70％～75％のアルコールに30秒間浸漬し、その後消毒薬で3～10分間外骨格の表面消毒を行い、最後に滅菌水で3～10回洗浄する。
エクソソーム表面の消毒・滅菌には注意が必要である：
1.エクソソームを回収した後、時間内にトリミングし、表面を洗浄し、流水ですすぐ。
2.外骨格の種類、回収時期、外骨格の古さと柔らかさの程度によって、滅菌プログラムを総合的に決定する。
3、アルコール滅菌時間を厳守する。
4.エクソソームの空気中への暴露時間を短縮し、空気乾燥と褐変を避けるために、滅菌溶液を材料に浸漬し、いつでも静かに振盪し、必要なエクソソームを切断し、表面滅菌後できるだけ早く培地に挿入する必要があります。
エクソソームの滅菌は、悪影響を避けるため、滅菌手順に厳密に従った洗浄が必要である。