肝機能と肝細胞内の炎症が一対一に対応しないことがあるからである。 臨床的には.肝機能は正常でも.穿刺によって肝臓内の炎症の程度が非常に重いということもよくあります。 また.穿刺によって線維化.あるいは肝硬変があるかどうかもわかるので.肝硬変の診断のゴールドスタンダードである超音波検査や生化学検査よりも.肝穿刺による肝硬変の診断の方がはるかに早くなります。 第二に.原因不明の肝炎に対して.自己免疫性肝疾患.ヘモクロマトーシス.グリコーゲン蓄積症など.肝病理学的に特殊な症状を示す難病や雑多な疾患を肝穿刺で診断することができ.肝病理学的に診断に至ることができる。 第三に.薬物治療後に病気が改善したかどうかを判断することができ.例えば.自己免疫性肝炎をホルモン療法で治療した後.肝臓の炎症がどの程度回復したか.ホルモンの投与量をどの程度まで減らすことができるかなどを判断することができ.臨床医にとって非常に有用であるため.肝臓穿刺は薬の使用診断や治療効果の判断に非常に有用な検査である。