メラトニンに絶対的な副作用はないが、メラトニンが一定量に達すると、生殖腺の発育抑制、体温低下、不妊などの副作用が出る人が少なからずいる。
メラトニンは人間の脳内にある松果体に由来し、時差ぼけの調整、老化防止、免疫力の調整、睡眠促進などの生理機能を持つ。 科学技術の発展に伴い、合成メラトニンを実現することができるようになり、メラトニンを通常摂取する場合、一般的に明らかな副作用は現れないが、人によって異なる必要がある。
しかし、関連研究機関によると、メラトニンを摂取すると性腺の発育が阻害され、性欲減退、精子の健康低下、男女の排卵阻害などの副作用を起こす人がいる。 また、メラトニンは基礎体温の低下や不妊の原因になることもあるが、その可能性は低い。
日常生活において、健康な人がメラトニンを過剰に補給する必要はなく、メラトニンは病気を治療する役割を持たず、あくまで健康管理用品として使用するものであり、医薬品の代わりにはならない。