無菌性前立腺炎の病態は完全には解明されていないが、多くは感染因子、排尿機能障害、骨盤疾患などと関連している。
1.感染因子：無菌性前立腺炎患者の細菌培養結果は陰性であるが、特定の細菌、クラミジア・トラコマティス、マイコプラズマなどの病原性感染症が関連している可能性がある。
2.排尿機能障害：尿道閉塞、残尿の増加などにより、尿道圧が上昇し、尿が前立腺管に逆流し、前立腺の慢性炎症や組織の腫脹を引き起こしやすくなり、排尿障害を引き起こす。 また、尿の逆流によって病原体が前立腺内に戻り、無菌性前立腺炎を誘発することもある。
3.骨盤の病気：前立腺炎の患者の中には、精索静脈瘤や痔などの病気を伴う人もいます。