生理的海水洗浄は、適応症に合致した正しい操作で、通常のすすぎを行えば、一般に害はない。 操作を誤り、適応症に合わず、すすぎの回数が多すぎると、鼻粘膜の損傷、中耳炎、誤嚥などの危険性がある。
1.鼻粘膜の損傷：鼻洗浄器の使用方法が正しくなく、鼻洗浄器が深すぎたり、力が強すぎたりすると、鼻粘膜の損傷を引き起こし、鼻粘膜の出血、破損を引き起こし、鼻腔が軽度のびらんを生じた場合、感染を伴うことがある。
2.中耳炎：鼻洗浄に生理的海水を使用した場合、過度の力で余分な生理的海水を耳管や上咽頭に流し、鼻腔内の分泌物が耳管を通って中耳腔に入り、感染を誘発し、中耳炎になることもある。
3.誤吸入：鼻洗浄に含まれる生理的海水の量は多く、誤って咽頭、喉頭、気管に吸入し、窒息や肺炎を引き起こす可能性がある。
生理的海水による鼻腔洗浄は、医師の指示に従い、正しい操作方法で行う必要がある。