抗原は必ずしも異物である必要はなく、身体の構成要素の一部も抗原になりうる。 抗原とは、体内に抗体を産生させ、抗体や感作リンパ球と結合して免疫反応を引き起こす物質であり、外因性抗原、内因性抗原、合成抗原に分類される。 外来性抗原とは、一般にウイルス、細菌、真菌、マイコプラズマ、クラミジア、寄生虫、花粉などを指し、体内の眼球結晶蛋白質、精母細胞、サイログロブリン、血清蛋白質なども抗原となる可能性があり、合成抗原は主に不活化・減弱処理後に形成されるワクチンである。 従って、抗原は発生源別に分類し、体に違和感があるときは病院で検査することが重要である。