クローン病には遺伝的素因があり、正確な遺伝率は確立していない。 クローン病は消化管全体に多発性病変を引き起こす免疫機能障害であり、炎症性腸疾患の一種である。 クローン病患者の第一度近親者の罹患率は一般集団の罹患率より有意に高く、患者の配偶者の罹患率は増加せず、一卵性双生児の罹患率は二卵性双生児の罹患率より有意に高く、これらの特徴からクローン病に一定の遺伝的素因があることは明らかである。 また、近年の遺伝学的な研究により、クローン病の発症に関係する遺伝子変異も見つかっており、クローン病にも遺伝の可能性があることが確認されている。 しかし、クローン病は白人では遺伝的素因が明らかであるが、黄色人種では遺伝しないことから、黄色人種での遺伝の可能性は白色人種に比べて相対的に小さい。 具体的な遺伝率についてはまだ結論が出ていない。 クローン病は遺伝的素因に加え、飲酒、喫煙、衛生状態などの環境因子、慢性腸管感染症や免疫異常などの感染因子とも関連している。