クリプトコッカス肺炎は.新型のクリプトコッカスによって引き起こされる亜急性または慢性の深在性真菌症で.主に中枢神経系と肺に侵入し.悪性腫瘍や化学療法.高用量ホルモンの投与など.免疫機能が低下した患者にしばしば発症する。 クリプトコッカスの治療は以下の2つの側面に分けられる：第一に.薬物治療で.クリプトコッカス肺炎患者の免疫機能の状態の違いによって.使用する薬剤を使い分けることができる。 好ましい薬剤はアムホテリシンBで.フルシトシンや他の抗真菌薬と併用することが推奨され.フルコナゾールは他の抗真菌薬と併用することができる。 第二に.外科的治療で.肉芽腫性病変.膿瘍.空洞など.皮膚.胸部.肺などの限られた病変に限られるが.中枢神経系への浸潤がなければ.外科的局所切除に踏み切ることができる。