通常、良性脳腫瘍は摘出後に再発することはほとんどなく、頭蓋咽頭腫のように再発しやすい良性脳腫瘍はごく少数である。
一般に、良性脳腫瘍は周囲の組織との境界が明瞭で、手術で完全に取り除くことができ、通常は腫瘍組織は残りません。 しかし、深い位置にあったり、周囲組織との境界が不明瞭であったりするために完全に切除できない腫瘍もあり、術後に再発する可能性があるが、術後の放射線治療によって防ぐことができる。
頭蓋咽頭腫のような少数の良性脳腫瘍は、外科的切除を行っても再発することがある。
脳から完全に摘出できない腫瘍に対しては、良性腫瘍を効果的に治療できる比較的先進的な体外照射療法であるガンマナイフによる治療が可能である。 外傷が少なく、回復が早く、正確な位置決めができるという利点がある。
良性脳腫瘍を患っている患者は、再発の可能性を最小限にするため、術後は医師の指示に従って経過観察を行い、定期的な検査を受けることが推奨される。