舌根部口腔潰瘍は、再発性アフタ性潰瘍、傷害、放射線、自己免疫疾患に伴うものなどがあり、最速の治療法はないが、一般的な対症療法のステップに従って、外的刺激を除去しながら、治癒を促進する薬剤を使用する。
1.対症療法：舌根部口腔潰瘍の治療には、主に抗炎症薬（トレチノイン軟膏、シダデイン錠）、鎮痛薬（リドカインゲル、ベンゾカインゲル）、治癒薬（遺伝子組換えヒト上皮成長因子ゲル）を使用する。
2.刺激因子の除去：口腔内の鋭利な歯の先端や悪い修復物を除去し、放射線誘発性潰瘍に対しては放射線量をコントロールする。
潰瘍の発生後、健康な精神状態を維持し、栄養を補給し、体力を強化し、緊張を和らげることが潰瘍の治癒に役立つ。