一般に、巨大結腸は自然治癒しない。 巨大結腸は形態学的な診断で、主に先天性巨大結腸と後天性巨大結腸に分けられ、先天性巨大結腸は主に腸神経の発達障害によるもので、後天性巨大結腸は主に炎症や癒着などによるものである。 巨大結腸の患者は食事に気をつけ、排便習慣を身につける必要があり、医師の手術のもとで生理食塩水浣腸を受けたり、医師の指導のもとでラクツロース、ソルビトールなどの下剤を使用して治療したり、排便補助器具を使用して治療したりする。 一般に、巨大結腸はそれだけで治るものではなく、治療が遅れると便秘が悪化し、栄養摂取に影響を及ぼすなど、さまざまな問題が生じます。 保存的治療の効果が明らかでない場合、あるいは病状がより深刻な場合は、外科的治療によって病状を改善することができる。