ランニング中の腹痛の原因としては、肝臓の血行障害、呼吸筋の痙攣、消化管の痙攣や機能障害などが考えられる。 上記のような症状がある場合は、通常の病院で検査と治療を受ける必要がある。
1.肝血行障害：運動を始める時、準備運動が不十分で、スピードアップと強度アップを急ぐため、内臓に過度の負担がかかる。 特に心筋の収縮力が乏しいと、心拍出量が減少したり、著しく増加しなかったりして、下大静脈から心臓への血液の還流が阻害され、さらに下大静脈の圧力が上昇し、肝静脈の還流が阻害されて肝うっ滞を引き起こす。
打撲量の増加により肝臓は肝性腹膜の緊張を高め、腹膜上の神経が侵されるため腹痛を生じる。
2.呼吸筋の痙攣：呼吸を深くすることに注意を払わずに、運動中の呼吸リズムと運動の調整を行ったため、呼吸筋の機能障害、浅く速い呼吸、呼吸筋の収縮が調整されず、頻度が高すぎ、緊張して痙攣したり、微細な損傷を生じたりすることがある。
また、準備運動が十分でなく、心肺機能が筋作業の必要性に適応していないため、呼吸筋が低酸素状態になり、呼吸筋の痙攣や痛みの発生を悪化させる。
3.胃腸の痙攣や機能障害：激しい運動によって血流が再分配され、胃腸の血液供給に影響が出た場合や、食後早すぎる活動への参加、食べ過ぎ、飲み過ぎ（特に冷たい飲み物の飲み過ぎ）、絶食運動での空気の刺激など、様々な刺激によって胃腸の痙攣が起こり、胃壁や腸壁の神経が引っ張られて痛みが発生する場合があります。
ランニング中に腹痛が起こった場合は、徐々に運動を中止し、適切な休息をとっても痛みが取れない場合は、早めに医師に相談してください。