薬用ハトムギである野生のハトムギは、補気昇陽（気を補い陽気を高める）、益気養血（体内の水分や血液を補う）、収斂化筋骨（ただれを早く治し、新しい肉の成長を促す）の作用があります。 主に気虚虚弱、中気沈下（脾胃の気虚で臓腑が下垂するなどの症状を呈する）、気虚水腫、収斂を伴わない遷延性潰瘍などに用いる。
ハトムギは気を補い陽気を促進し、筋肉の表面を固めて発汗を止め、利尿を促して浮腫を除き、津液を生成して血を養い、気滞や麻痺を促進し、毒素を支持して膿を排出し、ただれや筋肉を収斂する作用がある。
ハトムギは、気虚・虚弱、緩便（細く形のない便）、気の中沈、長引く下痢・肛門脱、便からの出血・漏血（過多月経や数滴以上の月経）、体表の虚弱による自然発汗、気虚による浮腫、内熱・口渇（過食・過飲・過尿などを伴う発熱）、血虚・萎黄などに用いられる。
また、片麻痺（手足の片側が自由に動かせない）、麻痺、しびれ、壊疽（急性化膿性疾患の体表、手足、内臓に発生する一種の毒瘡）、潰瘍化しにくい、長い潰瘍が収束しないなどの治療にも用いることができる。
妊娠中の女性は、単一の薬として長期間大量にハトムギを服用しないでください。 ハトムギの副作用は知られていない。
投薬の必要性がある場合は、漢方医の指導のもと、症状を確認して使用する。