生姜灸の禁忌は、アレルギーのある人には禁忌であり、皮膚が破れているところには禁忌である。 生姜灸は主に嘔吐、下痢など冷えが原因の疾患に用いるが、生姜は皮膚を焼くなどして新鮮なものを用い、感染症予防に注意する必要がある。
分離生姜灸の主な禁忌は、全身の発疹や皮膚のかゆみなどのアレルギー症状を防ぐため、生姜にアレルギーのある人は使用しないことである。 また、患者の皮膚に故障箇所がある場合は、患者の不快症状を悪化させないように、故障箇所にお灸をしないように注意する必要があります。生姜の単体灸は一般的に、嘔吐、下痢、腹痛、インポテンツ、月経痛などによる冷えに用いられます。
なお、生姜灸を行う際には、新鮮な生姜のスライスを選ぶことが勧められる。 お灸の際に皮膚が火傷した場合は、感染を避けるために注意が必要である。
患者が生姜灸を行う必要がある場合、専門の医師の指導の下で行うべきである。