5.5cmの消化管間葉系腫瘍は悪性の可能性が高い。 消化管間葉系腫瘍は腫瘍の大きさと分割像から悪性かどうかを判断する：胃内腫瘍5.5cm以上または小腸腫瘍4cm以上はほとんどが悪性である。 第2に、高倍率視野あたり、胃で5個以上の分裂片を有する腫瘍、または小腸で1個以上の分裂片を有する腫瘍はほとんどが悪性である。 したがって、5.5cmの消化管間葉系腫瘍はほとんどが悪性腫瘍に属し、一般的には外科的治療の方法によって臨床的に選択され、病理学的タイプや遺伝子検査の結果によって、イマチニブなどの分子標的薬による治療を行うかどうかが判断される。 消化管間葉系腫瘍は、患者の病状の変化を動的に観察するために、病院での定期的な経過観察が必要である。