新生児PDA（動脈管開存症）の治療は、急性期治療、薬物治療、外科治療、その他の治療がある。
1.急性期治療 呼吸困難や息切れがある場合は、速やかに人工呼吸を行う。
2.薬物治療：PDAはシャントが大きい場合、心肥大、特発性呼吸困難、心不全を引き起こす可能性があるため、積極的な抗心不全治療に加え、動脈カテーテル治療としてインドメタシンを試みることもある。
3.外科的治療：感染性動脈内膜炎を合併したPDAの場合、感染制御後3ヶ月以内に外科的治療を行うことができる。 感染がコントロールできない場合は、外科的結紮術または動脈切開術を行い、その後抗生物質を投与する。
4.インターベンション治療 適応は、外科的治療を必要とする合併症がなく、PDAの最狭径が2.0mm以上、生後6ヵ月以上、体重4kg以上である。
PDAの治療は、重症度、治療期間、治療計画、個人の体質などに影響される。