嚢胞を除去する最善の方法というものはなく、通常は物理的な除去、投薬、手術によって行われる。
1.物理的除去：嚢胞が体の表面にある場合、例えば腱鞘嚢胞のように、嚢胞の初期段階では、局所的なブレーキやマッサージによって除去することができます。嚢胞が成長した場合、医師が嚢胞を押したり絞ったりする操作によって除去することができますが、一般的に再発しやすく、全く治すことができません。
2、薬物の除去：もし嚢胞が生理的な嚢胞、例えば卵胞嚢胞と黄体嚢胞の場合、主にエストロゲンやプロゲステロンが高すぎるため、通常医師の処方によって、複合ノルエチンドロン錠、複合酢酸メドロキシプロゲステロン錠、ディルジルドリン錠などを経口投与して除去します。
3、手術：もし嚢胞が内臓の嚢胞、例えば巨大な肝臓嚢胞、腎臓嚢胞などであれば、通常腹腔鏡手術で治療する。
嚢胞のある患者は、嚢胞の原因を究明し、それに対応する治療を行い、できるだけ早く病院に相談して標準的な治療を受けることをお勧めする。