咽頭ヘルペスの経過は通常1週間で、3～6日頃に最も重症化すると思われる。
ヘルペス性咽頭炎の経過は約1週間で、ほとんどの患者は1週間後には自然治癒します。自然治癒できない患者は、おそらく発症後3～6日頃にピーク、つまりより重症の段階に入ります。
ヘルペス性咽頭炎は発症が早く、発症後、突然発熱、咽頭痛などの症状が現れ、体温は上昇を続け、40度以上に達することもあり、重症の場合は熱性けいれんを起こすこともあり、発熱は2～4日程度続きます。
ピーク期に入ると、明らかに嚥下困難、摂食困難、異常摂食などの症状が現れ、咽頭のうっ血、浮腫、ヘルペス潰瘍などを起こす患者もいます。
ヘルペス咽頭炎の予後は比較的良好で、適時に治療すれば治るが、遅れると急性弛緩性麻痺、心筋炎などを誘発することがあるので、医師の要求に応じて、できるだけ早く診断し、治療を目標とする。