日本における抗ヘリコバクター・ピロリ薬といえば、3剤併用療法（プロトンポンプ阻害薬＋アモキシシリン＋クラリスロマイシン）が一般的であり、製薬会社によっては3種類の薬剤を組み合わせて7日間の経口投与で標準治療を行うところもある。 3剤併用療法とは、プロトンポンプ阻害薬（PPI）またはカリウムイオン競合型アシッドブロッカー（P-CAB）と2種類の抗生物質（アモキシシリン、クラリスロマイシン、メトロニダゾールなど）を併用してピロリ菌を除菌する治療法である。 プロトンポンプ阻害薬（PPI）またはカリウムイオン競合型アシッドブロッカー（P-CAB）は、一般に、オメプラゾール、ランソプラゾール、ラベプラゾール、フォノラザン、レバラザンなどの薬剤から1つを選択する。 2種類の抗生物質の選択は通常、アモキシシリン＋クラリスロマイシンの標準的なレジメンであり、クラリスロマイシン耐性者では代わりにメトロニダゾールが考慮される。 標準治療で除菌できない人の中には、薬剤選択のために抗菌薬感受性試験を受けなければならない人もいる。 中国と日本ではピロリ菌の治療レジメンに大きな違いがあり、中国では使用できない薬剤もある。 現在，中国では4剤併用療法（プロトンポンプ阻害薬＋ビスマス＋2種類の抗生物質）あるいは最新の高用量プロトンポンプ阻害薬＋高用量アモキシシリン療法がピロリ菌に対して用いられている。 特定の薬剤の投与量と安全性評価は、医療専門家の指導の下で行うべきであり、有害事象の発生を避けるために自己判断で服用すべきではない。