下垂体嚢胞の治療が必要かどうかは、嚢胞の大きさと臨床症状によって異なる。
サイズが小さい無症候性の下垂体嚢胞は、定期的な検査を考慮することができ、当面は特別な治療を必要としない。
頭痛、視力低下、視野欠損、下垂体のホルモン障害（例えば、成長ホルモン分泌不全は成長遅滞に、甲状腺ホルモン分泌不全は甲状腺機能低下症に、ゴナドトロピン分泌不全は月経障害および無月経につながることがある）などの明らかな臨床症状がある患者に対しては、薬物療法または外科的治療を考慮すべきである。
下垂体嚢胞と診断された患者さんで、介入が必要かどうか迷っている人は、病院に行って医師に自分の状況に基づいて判断してもらうことができる。