十二指腸球潰瘍の診断を確定した後、患者の状態、出血やその他の合併症を伴うかどうかによって、入院が必要かどうかを判断し、入院期間は通常5日～2週間である。
1.保存的治療（入院の必要なし）：症状が軽く、胃カメラで小さな潰瘍しか観察されない患者は、薬物療法を優先し、4～6週間の経過をみる。 胃酸抑制剤：オメプラゾール、ラニチジンなど；胃粘膜保護剤：クエン酸ビスマスカリウムなど；非ステロイド性抗炎症薬の使用歴がある場合は、アスピリンなどの服用を中止する必要がある。
ヘリコバクター・ピロリ（Hp）感染を合併している場合は、Hpを除菌する必要があるため、医師の指示に従い、オメプラゾール、アモキシシリン、ビスマス・ペクチン、フラゾリドンなどの薬剤を使用する。
2.手術（入院）：出血した場合は緊急手術が必要で、入院期間は5～14日間で、出血が止まれば退院できる。出血性潰瘍に穿孔を伴う場合は入院期間が長くなり、手術後の患者の状態によって判断する必要がある。
患者は通常の病院を受診し、関連する検査を受け、医師の指導の下、適切な治療方針を選択し、薬剤は医師の指示に従って使用することをお勧めします。