十二指腸潰瘍の薬物治療には、オメプラゾールなどの胃酸分泌抑制薬、クエン酸ビスマスカリウムなどの胃粘膜保護薬、アモキシシリンなどの抗生物質などがよく使われるが、十二指腸潰瘍の治療に特化したものではない。 1.胃酸分泌抑制薬：プロトンポンプ阻害薬は消化性潰瘍の治療に選択される薬物で、一般的にはオメプラゾール、ランソプラゾール、パントプラゾールなどが使用され、プロトンポンプの活性を阻害することにより、胃酸分泌抑制効果を得る。 典型的な十二指腸潰瘍の4週間での治癒率は90～100％である。 2.ヘリコバクター・ピロリの除菌：ヘリコバクター・ピロリの除菌は潰瘍の再発率を著しく低下させることができ、現在一般的に用いられているのはプロトンポンプ阻害薬（オメプラゾール、ランソプラゾールなど）、ビスマス（クエン酸ビスマスカリウム、ビスマスペクチンなど）、抗生物質2種類（アモキシシリン、クリンダマイシンなど）の4剤併用療法である。 標準的な治療期間は10～14日間である。 3.胃粘膜を保護する薬剤：ビスマスは酸性溶液中でコロイド状を呈し、潰瘍の表面を覆い、胃酸による胃粘膜の損傷をブロックすることができ、一般的にはクエン酸ビスマスカリウム、ビスマスペクチンなどが用いられる。 ビスマスは主に腎臓から排泄されるため、腎機能障害 のある人には禁忌である。 十二指腸潰瘍の治療には、いわゆる「特効薬」はない。 医師の指示に従い、薬剤の使用を調節し、自己治療を避けるべきである。