ca199もca125も腫瘍マーカーである。 チョコレート嚢胞の患者は、ca125とca199を外科的に低下させることができる。 卵巣子宮内膜症は一般的に、ca125とca199の血清レベルの上昇を伴うチョコレート嚢胞によって特徴づけられるが、これは子宮内膜症の外科的治療によって低下させることができる。 手術は、妊孕性を必要とする患者では妊孕性温存のために、妊孕性を必要としない患者では卵巣温存または根治手術のために行うことができる。 チョコレート嚢胞は破裂と出血を繰り返し、周辺組織の癒着を引き起こし、患者の生殖機能に影響を及ぼす可能性があるため、卵巣型子宮内膜症チョコレート嚢胞が存在する場合には、身体への悪影響を最小限に抑えるために、標準化された治療を適時に行うことが推奨される。