腎盂腎炎の再発は通常細菌感染によるもので、症状が比較的軽い場合は、医師の指示に従ってキノロン系抗生物質（オキシフロキサシンなど）、半合成ペニシリン系抗生物質（アモキシシリンなど）、セファロスポリン系抗生物質（セフロキシムなど）などを服用し、症状が重い場合は薬物療法や点滴療法を併用する必要があります。
1.キノロン系抗生物質：腎盂腎炎の多くは大腸菌が原因で、この種の薬はグラム陰性菌に対してより強い効果があり、腎盂腎炎の治療に適しており、よく使われる薬はオキシフロキサシン、レボフロキサシンなどです。 ただし、キノロン系抗菌薬にアレルギーのある人、18歳未満の患者、妊娠中・授乳中の女性には禁忌である。
2.半合成ペニシリン系抗生物質：これらの薬剤は幅広い抗菌作用を持ち、腎盂腎炎の治療に使用できますが、投薬の過程でアレルギー反応が起こる可能性があり、ペニシリンにアレルギーのある患者は禁止されています。 よく使われるのはアモキシシリンなどである。
3.セファロスポリン系抗生物質：抗菌作用が強く、抗菌スペクトルが広い。 セフロキシム、セフィキシムなどがよく使われる。
再発性腎盂腎炎、特に複雑性腎盂腎炎に対しては、素因（結石、閉塞、尿路異常など）を除去した上で、薬剤感受性試験の結果に応じて殺菌力の強い抗生物質を選択する。 再発例に対しては、長期低用量静菌療法を行う。
上記の薬剤はすべて医師の指導のもとに使用し、自己判断は避ける。 腎盂腎炎を再発した患者は、定期的に病院を受診し、医師の指導のもとで適切な治療を受けることを勧める。