ほとんどの漿液性嚢胞腺腫は比較的治療可能であるが、悪性化した場合は治療がより複雑になり、効果が期待できないことがある。
漿液性嚢胞腺腫のほとんどは良性であり、妊娠可能な年齢の女性では、漿液性嚢胞腺腫を摘出する手術が必要となることがある。 閉経後の女性では、必要に応じて患側の付属器切除術が行われる。 外科的治療は、通常良好な結果が得られるため、比較的治癒可能である。
漿液性嚢胞腺腫のほとんどは良性病変であるが、ごく少数の患者には悪性変化が生じることがあり、その場合は外科的治療、放射線療法、化学療法、バイオターゲットセラピー、統合療法などが必要となり、治療が比較的複雑になるため、十分な治療効果が得られない。