口腔潰瘍の深刻な痛みは、歯の神経が関与して歯痛を引き起こす可能性があり、この時点で医師の指導の下で積極的に口腔潰瘍の治療を行う必要があり、一般的に使用される治療法は、一般的な治療、薬物治療、レーザー治療である。
1.一般治療：口腔潰瘍の患者は、食事に野菜や果物を多く取り、ビタミンCを補い、夜更かしや疲れを避け、潰瘍の治癒を早める必要がある。
2.薬物治療：痛みが我慢できない場合は、医師の指導の下、リドカインゲル、複合ベンゾカインゲルなどの鎮痛剤を使用することができます。 また、創傷治癒を促進する薬として、経口潰瘍パウダー、アイスボロンパウダー、遺伝子組換えヒト上皮成長因子ゲルなどがある。 抗炎症薬としては、クロルヘキシジンうがい薬、ヨード錠剤などがある。
3.レーザー治療：レーザー治療は口腔粘膜の再生を助け、潰瘍の治癒を促進する。
一般的に口腔潰瘍は歯痛を引き起こさないが、もし歯痛を引き起こした場合、つまり潰瘍がより深刻な場合、病状を遅らせないために適時に病院を受診する必要がある。