肝嚢胞手術には大きく分けて2種類あり、1つは肝嚢胞穿刺ドレナージ、もう1つは腹腔鏡下侵襲的肝嚢胞ドレナージである。
1.肝嚢胞穿刺ドレナージ：超音波ガイド下で肝嚢胞を穿刺・ドレナージし、嚢胞内注入液には通常無水アルコールを使用する。 これは、無水アルコールが肝嚢胞の嚢胞壁の細胞を破壊し、肝嚢胞の治療に一役買うことができるからであるが、再発率が高いため、現在この方法はあまり推奨されていない。
2.肝嚢胞腹腔鏡侵襲ドレナージ：まず肝嚢胞の嚢胞壁を開き、嚢胞壁の大部分を切除し、嚢胞壁の一部を破壊して治療効果を得る。
また、患者によっては肝部分切除術が適している。 腹部膨満感や腹痛などの明らかな不快症状がある場合や、定期的な経過観察で肝嚢胞が年々大きくなる傾向が認められる場合は、外科的治療を考慮すべきである。