甲状腺乳頭癌はより分化度が高く、悪性度が低いため、適格な甲状腺乳頭癌の一部だけが甲状腺葉切除術（半切除術）を受けることができ、残りは甲状腺全摘術を受けるべきである。
甲状腺乳頭癌の患者は、次の条件がすべて同時に満たされた場合にのみ甲状腺葉切除術を受けることができる：頸部への放射線照射歴がないこと、腫瘍の甲状腺外浸潤がないこと、腫瘍の遠隔転移がないこと、他の好ましくない病型が組み合わさっていないこと、腫瘍径が1cm未満であること。 これら以外の甲状腺乳頭がんはすべて甲状腺全摘術または亜全摘術が必要である。
甲状腺乳頭癌の悪性度は比較的低いが、早期に頸部のリンパ節転移が出現することが多いので、早期治療の意義は大きく、診断がついたら積極的に外科的治療を受け、病状を遅らせることのないようにすることが推奨される。