機能性ディスペプシアは主に胃および十二指腸の機能障害によって引き起こされる。
1.消化管運動障害：胃排出の遅延と運動協調の失調。
2.内臓感覚過敏：胃の感覚能力が正常より著しく低下する。
3.胃底の拡張機能低下：主に早期満腹感として現れる。
4.胃酸分泌の亢進：拡張と酸刺激に非常に敏感。
5.心理社会的要因：主に、さまざまな程度の不安、抑うつ、不眠、集中力低下を伴う。
機能性ディスペプシアは通常、器質的疾患を伴わない臨床症候群であり、主に満腹感、早期満腹感、食欲不振、吐き気によって現れ、通常は持続性または再発性で、ほとんどが心因性因子によって誘発される。